Gå til hovedindhold

Supercomputeren Gardar medvirkende til nye forskningsresultater

Af
ons, 06/13/2012 - 19:46

Af Lene Rybner

Ved åbningsceremonien til supercomputeren Gardar i Island udtalte Martin Bech sig til Version 2 ”I nogle typer forskning er det helt banalt sådan, at med større beregninger har man mulighed for at gøre flere og større opdagelser. Så vi får altså mulighed for at gøre opdagelser, vi ellers ikke ville have gjort.”

Og dette er faktisk også den oplevelse professor Jan Gorodkin fra Center for non-coding RNA in Technology and Health har. I centret udvikler de teknologier, algoritmer og computerbaserede metoder til at udforske den klasse af gener, som ikke koder for proteiner – de ikke-kodende RNA gener – og deres relation til sygdomme, eksempelvis diabetes.  I en stor del af centrets projekter er der behov for adgang til supercomputere med stor regnekraft. Hidtil har man brugt gruppens egen cluster og adgang til supercomputer i DCSC regi, men i foråret 2012 fik Jan Gorodkin og hans gruppe mulighed for at afprøve Gardars regnekraft på flere af centrets projekter.

”Vi fik 5-10 gange mere kapacitet, og det er jo luksus”, siger Jan Gorodkin. Og med luksus mener han, at de langt hurtigere end tidligere har fået behandlet og bearbejdet deres empiriske sandsynlighedsberegninger til et af centrets nye metoder, der vil kunne forudsige om genetisk variation kan have betydning for ændring i strukturen (og dermed funktionen) af de ikke-kodende RNA gener. Med Gardar fik gruppen udført beregninger, der ikke blot kunne færdigudvikle metoden, muliggøre hurtigere publicering, samt åbne muligheder for helt nye samarbejder, hvor bla. en ph.d.-studerende senere vil besøge et laboratorium i North Carolina.

For Jan Gorodkin og Center for non-coding RNA in Technology and Health var timingen for tilbuddet om at bruge Gardar perfekt.  Også selv om der var lidt startproblemer, bl.a. at køopsætningen ikke fungerede optimalt. Men som Jan Gorodkin siger, var det problemer, der kunne løses, og som er bagateller i forhold til de resultater, de har opnået.