Gå til hovedindhold

Publikationer for perioden 2015-2019

Her finder du forskningsresultaterne fra de nationale supercomputere i Danmark. Analysen er nu lavet for en 5-årig periode.
Af
Birgitte Vedel Thage
tor, 07/09/2020 - 09:14

Siden etableringen af de nationale HPC anlæg i 2014 og 2015 har antallet af videnskabelige publikationer kun været stigende. Denne analyse blev første gang offentliggjort i DeiCs årsrapport for 2017, hvor i alt 290 publikationer blev registreret for perioden 2015-2017. Listen tæller nu 835 publikationer for perioden 2015 til 2019, dvs. en femårig periode.

Denne oversigt tegner et landskab af de videnskabelige publikationer som har inkluderet regnekraft fra et af de tre nationale HPC-anlæg hhv. indenfor Life Science (Computerome), multidiciplinær forskning (ABACUS2.0) samt samfundsvidenskab og humaniora (Kulturarvsclusteret, KAC).

​Indhold på siden

Indsamling af publikationer

I alt 835 publikationer synliggør brugen af national HPC i dansk forskning i perioden 2015 til 2019, og dette billede kan ikke tegnes på normal bibliografisk vis. Mindre end 20% af publikationerne "fanges" ved en bibliometrisk søgning (Det er ikke skrevet i ”Acknowledgement” eller ”Funding” feltet i publikationen), og derfor har de nationale HPC brugere efterfølgende skulle angive specifikt, hvilken regnekraft de har benyttet.

I denne analyse er hver enkelt publikation blevet verificeret af HPC brugerne, for at få et retvisende billede af hvor mange publikationer, der reelt har inkluderet national HPC.

Nyt på den nationale liste

Listen inkluderer nu næsten en fordobling af publikationer fra samfundsvidenskab og humaniora, da antallet er øget fra 7 til 12 videnskabelige artikler indenfor områder som f.eks. økonomi, sprog og kommunikation, analyse af det danske world-wide-web samt 3D-modellering indenfor arkæologi. Søgning på publikationer indenfor 8 fagområder kan nu som noget nyt nemt laves on-line på: https://www.deic.dk/Supercomputere/HPC-publikationer.

For første gang undersøges, hvor mange af listens publikation, der bidrager til FNs verdensmål for bæredygtighed i 2030. Dette kan du læse mere om HER.

Desuden er ”Open Access” andelen af national DK-HPC publikationer beskrevet HER.

Interaktiv liste - Fritekstsøgning og downloads - NY

Her er det muligt at gå på opdagelse i de 835 publikationer, som har inkluderet brug af national supercomputing i Danmark i perioden 2015 til 2019. Listen inkluderer pt. også en enkelt ekstra publikation fra 2020.

  • Du kan lave fuld-tekst søgning i publikationens titel i feltet ”Full text search”
  • Du kan skabe din egen liste af publikationer baseret på f.eks. årstal, HPC anlæg der var brugt, og hvilket dansk universitet der er med på publikationen.
  • Du kan også skabe lister, der er sorteret efter forskningsområde samt tidsskrift der var publiceret i.
  • Der er angivet DOI for hver enkelt publikation i søgeresultaterne.
  • Du kan downloade dine lister til Excel efter hver søgning.
  • Søgefelter er nærmere beskrevet i Tabel 1.

Tabel 1. Beskrivelse af søgefelter i den interaktive web-liste over national DK-HPC publikationer.

Søge felt Forklaring
Full text Søg efter specifikt nøgleord eller terminologi i titlen af den videnskabelige publikation. Du kan også søge efter et specifikt DOI nummer i dette felt.
Year 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 eller markér alle for en fuld liste
HPC Vælg supercomputing anlæg i DK, hh.v ABACUS2.0, Computerome eller KAC
University Her er det muligt at generere en liste over national DK-HPC publikationer fra hvert af de 8. danske universiteter. "Others! / "NoDKUni" refererer til virksomheder, hospitaler eller "Sektorforskningsinstitutioner".
Scientific Field Vælg et af de 8 videnskabelige fagområder eller markér alle felter for at få en total liste.
Journal Navn på et tidskrift som publiseret i. Du kan f.eks. lave en liste over publikationer fra et givent tidsskrift. Der er registreret mere end 400 tidsskrifer, som de videnskabelige publikationer er tilgængelige fra.

FN verdensmål og publikationslisten - NY

Hvordan bidrager de nationale DK-HPC publikationer til FN’s mål for bæredygtig udvikling i verden? De danske universiteter er begyndt at indrage FN’s 17 verdensmål i deres strategi og visioner. De fleste af målene har den fællesnævner, at teknologi vil spille en afgørende rolle i løsningen af fremtidens globale udfordringer, der indbefatter at afskaffe fattigdom og sult i verden, hjælpe vores klima, reducere uligheder, sikre god uddannelse og bedre sundhed til alle, bæredygtig økonomisk vækst osv.

  • I alt blev 353 publikationer (44%) matchet med et SDG-mål (Sustainable Development Goal), hvoraf hovedparten (339 publikationer) blev kategoriseret indenfor SDG #3: ”Sundhed og trivsel” (Fig. 1).
  • For SDG3 kan man læse, at globalt rammes en ud af fire på et tidspunkt i livet af mental sygdom og neurologiske lidelser. Flere end 300 millioner mennesker lider af depression, næsten lige så mange har alvorlige angstlidelser og mere end 800.000 mennesker begår hvert år selvmord [1]. Disse emner er bl.a. blevet belyst gennem national DK-HPC, og desuden inkluderer de 339 publikationer studier af mere end 50 forskellige sygdomme bla. vha. genom sekventering, epigenetike studier og sygdoms progressions analyse. Du kan gå på opdagelse i publikationernes titler HER (kommer snart).
  • De 353 publikationer, der matchede med et SDG mål, fordelte sig mellem 8 fagdiscipliner med hovedvægt på Life Science, der bla. repræsenterer sundheds området (Fig. 2).
  • Enkelte publikationer var at finde indenfor SDG2 (Stop sult), SDG7 (Bæredygtig energi), SDG11 (Bæredygtige byer og lokalsamfund), SDG13 (Klima indsats) samt SDG15 (Livet på land).
  • Det noteres at SDG6 (Rent vand og sanitet) og SDG14 (Livet i havet) ikke havde nogle match i denne analyse, selvom potentielle kandidater var at finde blandt de 835 nationale DK-HPC publikationer.
  • Det understreges, at resultaterne der her er vist, skal fortolkes med forsigtighed, idet der stadig ikke er udviklet en algoritme, som perfekt kan vurdere og kategorisere forskningspublikationerne som tilhørende et eller flere af verdensmålene [2].
  • I dette studie er brugt et sæt af søgekriterier udviklet af Elsevier [3]

[1] Sayers, S. et al. (2019) 2030 Now. 17 goals, 9 billion people, 1 future. Life Publishing Aps, Kbh. ISBN: 978-87-997573-2-9.
[2] Armitage, C. S. et al. (2020) Mapping scholarly publications related to the Sustainable Development Goals: Do independent bibliometric approaches get the same results? Quantitative Science Studies. Advance Publication. DOI: 10.1162/qss_a_00071.
[3] Jayabalasingham, B. et al. (2019) Identifying research supporting the United Nations Sustainable Development Goals, Mendeley Data (1 ed.). Scopus search queries developed by Elsevier, DOI: 10.17632/87txkw7khs.1

                                           

Figur 1. Antal af national DK-HPC publikationer der kunne matches med et af FN´s 17 verdensmål (SDG, Sustainablity Development Goals).

Figur 2. Fordeling af de 353 national DK-HPC publikationer, der kunne matches med et af FN´s 17 verdensmål, indenfor fag discipliner (JIF kategori for tidsskrift).

Open Access (OA) - NY

Offentliggørelsen af en videnskabelig publikation kan være gratis tilgængelig på tidsskriftets hjemmeside. Dette er en vigtig parameter ift. Open Science. Publikationer kan indekseres som værende "Gold", "Hybrid" eller "Green" OA, hvilket betyder, at publikationer er hhv. gratis, betalt for at være gratis eller der findes gratis adgang via parallelpublicering (Sidstnævnte er f.eks. "Selvarkivering" i universiteternes arkiver og gjort tilgængelige ad den vej).

  • I alt 60 % af DK-HPC artiklerne er registreret som Open Access (OA) i Scopus i gennemsnit for perioden 2015 til 2019. Dette er summen af ”Gold” og ”Hybrid” OA.
  • Alle 8 fagdiscipliner er repræsenteret i OA delen, hvor ”front runnere” er Life Science områderne Biologi og medicin (Fig 3A). Alle 8 fagdiscipliner har også publikationer der ikke er OA tilgængelige (Fig. 3B).
  • En lavere %-vis stigning (Fig 4, blå kurve) ses i udviklingen i OA for DK-HPC publikationerne gennem de sidste 5 år baseret på ”Gold” og ”Hybrid” OA, mens ”Den danske Open Access Indicator”, hvor ”Green” OA også er inkluderet, når 78% for 2018 (Fig. 4, orange kurve).
  • Den danske Open Access Indicator indeholder publikationer der er hhv. ”Gold”, ”Hybrid” og ”Green” OA, og omfatter således et bredere spektre af OA-publikationer, end hvad vi kan opdage i Scopus for national DK-HPC analysen.
  • Til sammenligning var der hhv. 36 %, 45 % og 54 % fri adgang til de samlede danske forskningspublikationer fra 2016, 2017 og 2018 via ”Den danske Open Access Indicator” (Fig 4, DK-All-OA-DKI). Dette er lavere værdier end for publikationerne med national DK-HPC.
  • I alt 96% af HPC-publikationerne blev matchet med Den danske Open Access Indicator.
    I alt 97% af de 835 publikationer blev matchet i Scopus.
Figur 3. Samlet fordeling i perioden 2015 til 2019 af national DK-HPC publikationer der var kategoriseret som værende ”Open Access” med angivelse af fagdiscipliner. A. Open Access (N=490) og B. Ej Open Access (N=315).

Figur 4. Årlig andel af national DK-HPC publikationer der kan henføres til ”Open Access” (OA) ud af de 805 publikationer fundet i Scopus (Fuldt optrukne linjer). Sammenligning med samlede antal danske publikationer (Stiplet linje). Flere detaljer i tekst.

Antal og fagområder 

Her er information om forskningsproduktivitet (Antal publikationer) samt hvilke fagområder der har fundet vej til national supercomputing i DK i perioden 2015 til 2019.

  • Det samlede antal af publikationer er næsten tredoblet siden analysen blev foretaget første gang i 2017 (Fig. 5)
  • Siden lanceringen af de nationale HPC-anlæg, er der genereret 835 publikationer, der inkluderede brug af national DK-HPC (Fig.6).
  • De fleste HPC brugere ligger indenfor forskningsområderne Biologi (Blå, 28%), Kemi & Biokemi (Orange, 15%) samt Medicin (Gul, 32%) (Fig. 7A). 
  • Det ses, at den nationale HPC arkitektur har understøttet hhv. Life Sciences forskning via COMPUTEROME (Fig. 7B) og multidiciplinær forskning via ABACUS2.0 (Fig. 7C). Kulturarvsclusteret, KAC, blev designet til at understøtte hhv. humaniora og samfundsfag (Fig. 7D, Pt. kun to publikationer).
  • Forskellige fagområder fra de 8 danske universiteter har benyttet national HPC (Fig. 8). SDU har alle 8 faggrupper repræsenteret gennem de sidste 5 år, hvorimod DTU, KU og AU (og til dels AAU) hovedsageligt er ræpræsenteret inden for Life Science området (Blå, orange og gul firkant). Få faggrupper er repræsenteret fra hhv. CBS, ITU og RUC. Samfundsvidenskab og humaniora er repræsenteret fra hhv. CBS, SDU og AU (Lilla firkant).
  • En ny national DK-HPC struktur er ved at blive etableret i 2020.

Figur 5. Antal af videnskabelige publikationer der blev indsamlet til analysen i hhv. 2017 (3-årig periode), 2018 (4-årig periode) og 2019 (5-årig periode).

Figur 6. Samlet antal af videnskabelige publikationer pr. år pr. national HPC anlæg for perioden 2015 til 2019 (N=835).

​Figur 7. A. Fordeling (%) af 835 videnskabelige publikationer i perioden 2015 til 2019, der anvendte High Performance Computing (HPC) fra nationale anlæg i DK. Angivelse af forskningsområde for tidsskriftet, som der blev publiceret i (Journal Impact Factor Kategori). B. Andel af publikationer der har inkluderet regnekraft fra COMPUTEROME opdelt efter fagområde. C. Andel af publikationer der har inkluderet regnekraft fra ABACUS2.0 opdelt efter fagområde. D. Andel af publikationer der har inkluderet regnekraft fra KAC opdelt efter fagområde.

 

Figur 8. Fagområder, der har benyttet national HPC, sorteret pr. universitet og årstal. Data er baseret på tidsskrift kategori fra de i alt 835 publikationer indsamlet for perioden 2015 til 2019. Hvis mere end et af de danske universiteter er repræsenteret med en forfatter på en publikation tæller det med flere steder.

Diversitet og gennemslagskraft 

Her er information om synlighed og gennemslagskraft for de 835 publikationer, der inkluderede national HPC i perioden 2015 til 2019. Dette er belyst ved hjælp af feltvægtede citationer for publikationerne samt andel af publicering i top 10% mest citerede på verdensplan. Diversitet henviser til hvor bredt forskningsresultater er formidlet gennem forskellige tidsskrifter. 

En beskrivelse af FWCI samt JIF kan findes i analysen fra sidste år.

  • I alt 40% af publikationerne er at finde i de top 10% mest citerede publikationer i verden for 2015 til 2019 (Fig. 9A), hvilket er en høj rate. Dette bidrager til at øge gennemsnittet for Danmarks samlede bestand af publikationer i top 10% mest citerede på verdensplan, som i samme periode var anslået til 22%.
  • I alt 36% af publikationerne er synliggjort i top10% af de mest citerede tidsskrifter på verdensplan (Fig. 9B). Dette er højere end for Danmarks samlede bestand af publikationer (23%).
  • Den gennemsnitlige FWCI er 3,74 for de 835 publikationer der inkluderede DK-HPC (Fig. 9D, blå søjle), hvilket er højere end det globale gennemsnit og højere end det samlede antal af publikationer i DK samt OECD landene (Fig. 9D, hhv. grå og grøn søjle).
  • Publikationsanalysen for 2015-2019 viser højere felt-vægtet citations gennemslagskraft sammenlignet med total DK og OECD for 4 ud af 6 fagområder (Fig. 9D, national HPC blå kurve). Der er hidtil blot registreret 12 publikationer fra samfundsvidenskab og humaniora, hvilket kan forklare lav FWCI for disse områder.
  • De 835 publikationer var tilgængelige i 412 forskellige internationale tidsskrifter. Dette understreger stor diversitet i udbredelse af forskningsresultaterne, da analysen fra 2015 til 2018 identificerede 576 publikationer i 299 tidsskrifter. Dette indikerer, at det stadig prioriteres at formidle sin forskning internationalt så bredt som muligt i nye tidsskrifter. Gå på opdagelse i de 412 tidsskrifter HER
  • I alt 17% af publikationerne er udgivet i højt anerkendte tidsskifter med JIF værdier over 10 (Fig. 9C). Samtidig er 40% af publikationerne at finde i de top10 mest citerede publikationer i verden (Fig. 9A), hvilket viser, at mange af de mest citerede publikationer kan lokaliseres i tidsskifter uden top-rangering.
  • Kun 5% af publikationerne kan lokaliseres i tidsskrifter med højeste JIF rangering (Tabel 2). Således har 12% af national HPC publikationer en JIF mellem 10 og 25, idet 17% har JIF>10 (Jf. Fig. 9C).

​Figur 9. Feltvægtet gennemslagskraft (FWCI) af publikationer fra 2015 til 2019 der inkluderede brug af DeiC national HPC. Data fra SciVal (Scopus). A. Andel af national HPC publikationer i Top10% mest citerede i verden.
B. Andel af national HPC publikationer i Top10% højst rangerede tidsskrifter ift. SNIP (Source normalized impact per publication). SNIP tager højde for at korrigere forskelle i citations praksis mellem videnskabelige områder. C. Andel af national HPC publikationer med Journal Impact Factor større end 10 (JIF>10). D. FWCI gennemsnit for det samlede antal publikationer (National HPC, blå søjle). E. FWCI fordelt på fagområde og sammenligning af national HPC (blå kurve) med hele samlingen af publikationer inden for området for hhv. Danmark (grå kurve) og OECD landene (grøn kurve).

Tabel 2. Fordeling af national HPC publikationer i tidsskrifter med højeste JIF rangering. Det bemærkes at de 43 publikationer i tabellen kun repræsenterer 5% af de samlede 835 publikationer.

Journal (Top10 highest JIF) # JIF
New England Journal of Medicine 2 70,67
Nature Reviews Drug Discovery 1 57
Nature Biotechnology 1 41,667
Nature Reviews Genetics 1 40,282
Nature 13 40,137
Science 5 37,205
Cell 6 30,41
Nature Genetics 11 27,959
Cancer Cell 1 27,407
Nature Methods 2 25,062

Samarbejdsmønstre 

Her er information om samarbejdsmønstre identificeret i forfatterskab fra publikationerne hhv. nationalt (Samarbejde på tværs af universiteter), internationalt og med industri/ sektorforsknings institutioner. Samarbejde kan anskues som en måde til at udvikle nye kompetencer på - på tværs af universiteter og landegrænser.

  • KU (n=387 af de 835 publikationer), DTU (n=266) og SDU (n=292) havde forfatterskabet på hovedparten af publikationerne, der inkluderede national HPC (Fig. 10). Andel af publikationer der udelukkende kom fra institutter fra et af de 8 universiteter er angivet med blåt, mens publikationer der inkluderede samarbejde på tværs af danske universiteter er angivet med orange.
  • I gennemsnit var der i 68% af publikationerne internationalt samarbejde fordelt over 110 lande via mere end 3500 forsknings enheder fordelt på mere end 500 unikke institutioner (Fig. 11A).
  • Industri var repræsenteret i 13% af publikationerne, der inkluderede national HPC, og sektorforskning var repræsenteret i 27% af publikationerne (Fig. 12A). I alt 332 publikationer, svarende til de 40% der inkluderede samarbejde med industri eller sektorforkning, akkumulerede over en fire-årig periode (Fig. 12B).
  • Næsten hver 3. publikation (27%) inkluderede samarbejde med hospitaler fra de danske regioner (Fig. 13).
  • Region Hovedstaden og Syddanmark var repræsenteret på flest af publikationerne (Fig. 13 og 14), og en markant stigning i brug af national HPC via hospitalerne var at identificere fra 2017 til 2018 (Fig. 14).

 

​Figur 10. Antal gange de respektive danske universiteter har forfatterskab på de i alt 576 publikationer, der inkluderede national HPC. Blå farve, Kun institutter fra pågældende universitet. Orange farve, Samarbejde med andre danske universiteter. I denne del af analysen er der +/- samarbejde med udland og/eller industri indenfor begge kategorier.

Figur 11. Internationalt samarbejde fordelt over 110 lande via mere end 3000 forsknings enheder. Jo mørkere grøn farve jo højere antal publikationer i samarbejde med  pågældende land.

 

Figur 12. A. Samarbejde med industri og sektorforsknings institutioner opgjort ved forfatterskab i 835 publikationer, der inkluderede brug af national HPC. B. Andel af publikationerne pr. år der inkluderede samarbejde med industri eller sektorforskning.

Figur 13. Andel af publikationer med forfatterskab fra de danske hospitaler (Kagediagram)  samt angivelse af andel fra regionerne (Kort).

Figur 14. Andel af publikationerne pr. år der inkluderede samarbejde med danske hospitaler.

"Hot topics" indenfor DK-HPC 

Hvor fremtrædende og besøgt et emne er inden for videnskaberne (”Topic prominence”) kan udregnes ud fra antal citationer, citescore og ”views” i Scopus. Jo højere prominence percentile, jo mere er det et område, der er meget fokus på (Top10% ligger fra 0.9-0.99 percentile). Populært sagt kunne man sige, at et emne med høj prominence percentile med høj sandsynlighed er et ”hot topic” inden for en specifik videnskab. Det betyder ikke at forskning med lav prominence ikke er vigtig, der er bare ikke lige så meget fokus på området målt via ovenstående parametre.

  • Nedenfor er vist en mere detaljeret oversigt over videnskabelige discipliner, der har brugt DeiC national HPC fra 2015 til 2019 (Fig. 15). Det ses at publikationernes emner især henføres til life science og naturvidenskab (Røde cirkler) samt computer science og fysik (Blå og lilla cirkler), men også social scienes er repræsenteret (Gule cirkler, Fig. 15).
  • Beskrivelse af ”Topic prominence Clusters” for de i alt 835 publikationer findes i Tabel 2.
  • Du kan finde flere detaljer i rapporten: Link

​Figur 15. Videnskabelige discipliner der har benyttet DeiC national HPC i perioden 2015 til 2019. Størrelse af cirkler henfører til antal af publikationer. Jo større cirkel jo flere publikationer indenfor pågældende ”Topic prominence”. Plottet er vist for de i alt 835 publikationer (805 i Scopus).

​Tabel 3. Top10 Topic Prominence Clusters for publikationer der har benyttet regnekraft (N=835) i perioden 2015 til 2019. Farver henfører til cirklernes farver i Fig.15.

Abbreviations: TC, Topic Cluser.

Rapport med uddybende information

Her findes flere detaljer om den bibliometriske analyse for de 835 publikationer der inkluderede national DK-HPC.

Webinar

  • Præsentationen i ppt-format findes HER.
Analysen for 2015-2019 er lavet i samarbejde med de nationale HPC centre. Vi vil gerne takke Myhanh Nguyen, Tom Olsen og Desirée Suhr Pérez for at koordinere kontakten til HPC brugerne samt Jeannette Ekstrøm, Dorte Drongstrup og Emil Rendbæk Nygaard for bibliografisk dataopsamling og input til metrics. Analysen er udarbejdet af Birgitte Vedel Thage, DeiC Kompetencecenter og Dorte Drongstrup, SDU.